Chức năng: Là cơ sở điều trị tuyến cuối quân đội khu vực phía nam về chuyên ngành Truyền nhiễm, khoa có nhiệm vụ khám bệnh, cấp cứu, thu dung, điều trị các bệnh lý truyền nhiễm cho bộ đội và nhân dân.

Nhiêm vụ tuyến: Tham gia hướng dẫn, hỗ trợ chuyên môn về chẩn đoán và điều trị bệnh truyền nhiễm cho tuyến trước.

Đào tạo: Là cơ sở thực hành lâm sàng cho các bác sĩ sau đại học, học viên đại học của Học viện Quân y và các đơn vị liên kết.

Nghiên cứu khoa học: Phối hợp các cơ sở nghiên cứu trong và ngoài nước, triển khai các đề tài nghiên cứu về bệnh truyền nhiễm như sốt rét, sốt xuất huyết, nhiễm khuẩn huyết, viêm màng não…

Nhiệm vụ khác do Bộ Quốc phòng, Cục Quân y, Bệnh viện giao cho như tham gia lực lượng gìn giữ hòa bình liên hợp quốc, tham gia công tác đảm bảo quân y tại đảo Trường Sa Lớn …